Die 1472 von Herzog Ludwig IX., dem Reichen, von Bayern-Landshut gegründete Hohe Schule in Ingolstadt war die erste Universität Altbayerns und die elfte im Raum des damaligen deutschen Reiches. Ihre Gründung fällt in die sogenannte zweite Gründungswelle der deutschen Universitäten, in der auch in Freiburg/Breisgau, Basel oder Tübingen Hochschulen entstanden.
Der bayerische Herzog bewies mit der Neugründung nicht nur seine Wertschätzung für die Wissenschaft, sondern vor allem auch territorialen Pragmatismus. Eine Universität bedeutete Prestige und bot die Möglichkeit, dem frühmodernen bayerischen Territorialstaat ausgebildete Beamte zur Verfügung zu stellen.
Für Ingolstadt als Standort sprachen verschiedene Gründe. Die Stadt war lange Residenzstadt, bis das Teilherzogtum Bayern-Ingolstadt dem Territorium von Bayern-Landshut zugeschlagen wurde. Die Gründung einer Universität war gewissermaßen als Ausgleich für den verlorengegangenen Status gedacht. Aber auch Ingolstadts zentrale Lage und die materielle und finanzielle Ausstattung sprachen für die Stadt an der Donau.
Bis 1800 diente der Hohen Schule zu Ingolstadt das „Pfründnerhaus “ als Hauptgebäude. Erster Rektor der neuen Universität wurde Christoph Mendel von Steinfels. Sie hatte vier Fakultäten; die Studenten mussten zuerst die Artistenfakultät - die spätere Philosophische Fakultät - besuchen, bevor sie ein Studium an den drei höheren Fakultäten der Medizin, Jurisprudenz oder Theologie beginnen durften.
