Das 1991 vom Institut für Systematische Botanik und Mykologie der Fakultät für Biologie begründete Universitäts-Herbar der LMU (MSB) ist in den Räumen der Botanischen Staatssammlung untergebracht und umfasst ca. 200.000 Gefäßpflanzen mit einem Schwerpunkt bei den Blütenpflanzen. Seit seiner Gründung wächst es durch die aktive Forschung sowie Sammelreisen von Professoren und Studierenden stetig.
Bedeutendster Zugang war 1991 das Privatherbar von Dietrich Podlech mit ca. 100.000 Belegen. Seine Sammlung umfasst besonders Arten aus Afghanistan und Nordafrika sowie der Gattung Astragalus (Fabaceae) mit zahlreichen Typen.
Weitere Zugänge gab es von Matthias Erben (Sammlungen aus dem Mediterrangebiet und Arten von Limonium) und Hans-Jürgen Tillich (Araceen). Wichtige neuere Zugänge waren die Herbarien von Bernhard Dickoré (Sammlungen aus der Himalaya-Region) und Helmut Freitag (Sammlungen aus Afghanistan und angrenzenden Ländern).
Ein Herbar dient einerseits zur Bestimmung von Pflanzen, andererseits zur Dokumentation der zu einer Zeit an einem Ort vorkommenden Arten. Auch Blüte- und Fruchtzeiten werden so belegt. Wie jedes Herbar, so liefert auch das Herbarium der LMU Daten für die ökologische Forschung, den Natur- und Pflanzenschutz sowie zahlreiche andere Bereiche einschließlich Kulturgeschichte und Medizin.